中医治疗溃结主要有根据辨证口服汤药、根据辨证用中药保留灌肠、将中药做成栓剂外用、使用针灸治疗等四种方法，临床医生会根据患者病情和具体情况选择其中一种或几种方法相互配合治疗;急性发作期，需要迅速控制病情;口服中药，中药保留灌肠，针灸要一起使用;患溃疡性直肠炎，可以从肛门使用栓真剂治疗，既方便，效果也很好;在缓解期，一般选择口服中成药或配合隔日针灸一次的方法治疗，重点提高机体的免疫力和抵抗力;对轻度的溃结，或口服中成药或间断性地中药保留灌肠，都会很有效。
用针灸法治疗溃结，有经济、简便的优点。针灸有增强机体免疫力和抵抗力的功能，对溃结的缓解期、慢性期、寒湿积滞型、气血不足型有比较好的效果。针灸治溃结，要请专业的针灸师来治疗，多采用体针，针法与灸法可以并用。常用穴位有足三里、关元、气海、三阴交、肾俞、大肠俞、神阙、次谬等。有报道艾灸神阙、关元、气海等穴治寒湿型溃结收到很好的疗效。
孕妇患溃结，其腹部穴位禁止施用针灸法。成人晕针者或溃结患儿则不宜采用针刺法，但可以采用艾灸法，坚持用艾灸法治疗气血不足和寒湿积滞型溃结会取得很好的疗效。
