西药治疗溃结，从整体上看，总有效率在85%左右，复发率在50%左右。每个药物的疗效也不一样，国外的资料表明，单用SASP有效率为50%，与糖皮质激素配合使用有效率在75%左右，一年内的复发率为30%。服用甲哨唑治疗有效率在85%左右，但服药时间要足够长。硫糖铝能保护肠黏膜，用其保留灌肠有效率达到90%。其他药物如雷尼替丁、甲氰眯胍、可乐定等都有一定疗效，但都降低不了复发率。总之，单药的治疗效果不如几种药物联合应用效果好。
治疗溃结的西药都有或多或少的副作用，像5—氨基水杨酸使用后可致腹泻，少数人可并发心肌炎、心包炎及胰腺炎;SASP主要有消化道的反应如恶心、呕吐，还影响造血系统，可导致粒细胞减少和溶血性贫血，还可见神经中毒症状。甲硝唑最常见的副作用是消化道反应如恶心、呕吐、腹痛、腹泻，减量或停药后可缓解;其次是可引起周围神经病变如头痛、失眠等运动失调，是中枢神经中毒，要立即停药卑}是用甲硝唑灌肠则很少出现上述不良反应。糖皮质激素的副作用主要是可以导致电解质紊乱精神紊乱、高血压、高血糖、骨质疏松、自发性骨折、消化性溃疡穿孔出血等，所以有糖尿病、高血压、精神病、肾功能不全、消化性溃疡、腹膜炎等并发症时忌用糖皮质激素。溃结是需要长期用药维持的疾病，为了减少或减轻药物的副作用，最好是治疗期中西药配合使用，维持期使用中药，不用西药。
